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Olá Mauricio, o After Effects trabalha com link's (como no caso do indesign e illustrator), significa que não adianta transferir apenas o arquivo de projeto (.aep) você precisa sempre levar junto os arquivos que utilizou no projeto também, no seu caso o arquivo Scene.mov ou foi deletado, ou alterado de pasta no computador. Para evitar esse problema sugiro que sempre que terminar um projeto lembre-se de fazer o collect files e gerar um pacote com todos os arquivos que utilizou. Mas tome cuidado, pois mesmo fazendo o collect se tiver alum arquivo do illustrator por exemplo e dentro desse arquivo de illustrator tiver outro link, o programa não pegará a ramificação de link's, você deverá fazer o collect do illustrator também.

Para fazer o collect file você deve ir no menu superiror>file>dependencies>collect file, se fizer isso após concluir seus projetos e levar a pasta completa, possivelmente nunca mais terá problemas com link's.